Le premier épisode de la première saison commence donc par nous présenter Doremi, une fille d'environ 8 ans qui n'arrête pas de pleurer "sa malchance" un peu partout.
En errant dans les rues, elle se dirige sans le savoir vers une boutique magique Maho-Do tenue par la sorcière Maggi-Grigri et sa fée Lili. Mais, Doremi, en appelant Maggi-Grigri "Sorcière !" à haute voix et en la montrant du doigt, la transforme en une espèce de grenouille, une grenouille sorcière. Donc Maggi-grigri , assez enervée par sa nouvelle apparence demande à Doremi de devenir son apprenti-sorcière dans le but qu'elle lui redonne son apparence normale.
Doremi, qui rêvait depuis toujours de devenir une sorcière, accepte évidemment avec plaisir et la voilà devenue une petite sorcière ! Puis, elle entraîne malgré elle ses amies Emilie et Sophie (qui arrive dans sa classe) et qui deviennent peu de temps après aussi des sorcières (bien meilleures que Doremi dans certains cas).
Pour pouvoir faire de la magie, elles doivent avoir des Boules Magiques (qui changent en fonction de leur niveau) et ces boules ne sont pas gratuites, elles doivent les acheter à Delia avec de l'argent qui ait un rapport avec la magie. Donc elles décident de rénover la boutique de Maggi-Grigri qui était un peu poussièreuse et sombre pour vendre des petits objets porte-bonheur.
La vie d'une apprentie sorcière est rythmée par des examens. A leur premier examen (Examen de Sorcière n°9) que DoreMi passe en deux fois, elles reçoivent chacune une petite fée: Doremi reçoit Dodo, Emilie reçoit Mimi et Sophie reçoit Fifi.
Mais Maggi-Grigri a une rivale : Malicia et dans un épisode où les 3 apprenties se "battent" contre elle, Bibi, la petite soeur de Doremi, les voit, et pour éviter la catastrophe, elle devient elle aussi une apprentie. Plus tard, une nouvelle élève arrive dans la classe de Doremi, Sophie et Emilie. Elle s'appelle Loulou et c'est une star de la chanson. On découvre ensuite que c'est l'apprentie de Malicia ! Au départ elle est un petit peu odieuse avec les 3 autres mais au fur et à mesure, elle devient leur amie.
Le dernier épisode de la première saison se passe un jour où beaucoup de gens (menés par Héléna, l'ennemie des 4 amies) ouvrent la porte de la boutique magique qui emmène vers le Monde des Sorcières et voient Doremi, Sophie, Emilie et Loulou en sorcières avec les deux grenouilles Maggi-Grigri et Malicia et leurs fées respectives Lili et Hehe.Loulou, pour éviter à elle et à ses amis d'etre transformées, utilise la Magie Interdite : elle efface la mémoire de tous les gens. Comme punition, elle doit subir un long sommeil qui durera 100 ans. Mais ses amies ne sont pas d'accord et elles vont demander à la Reine des sorcières de les aider. Celle-ci leur dit qu'il n'y a qu'un seul moyen de la sauver et que cela marche ou pas, elle doivent renoncer à etre sorcières ensuite.
Après avoir réfléchi, elles invoquent le Magical Stage (cercle magique où la magie des sorcières qui l'invoquent est réunie) mais cela ne fonctionne pas dès le début et on voit Bibi apparaître et les aider. Le cercle délivre finalement Loulou de son sommeil et elles rendent toutes leurs consoles magiques à la Reine. Elles ne font plus partie du Monde des Sorcières et Maggi-Grigri , Malicia, Lili, Hehe, Dodo, Mimi et Fifi, qui ne peuvent plus rester dans le monde réel, rentrent au village des grenouilles-sorcières. L'épisode se termine par une phrase de Doremi : "On est plus des sorcières, mais au moins on est devenue les meilleures amies du Monde !"