La 2ème saison commence avec une visite des filles au hasard dans l'ancienne boutique de Majorika. Comme par magie, la clé du Monde des Sorcières se trouve sur la porte qui mène à celui-ci et les filles s'empressent d'y aller, sous prétexte que Maggi-Grigri a oublié son sèche-cheveux ! En se baladant dans les chemins du Monde, elles trouvent un trou dans des buissons et s'y engouffrent, c'est là qu'elles assistent à la naissance de Flora.
Ce bébé sera plus tard une sorcière extrèmement puissante (on peut comprendre que c'est sûrement la fille de la Reine), et il faut qu'elle soit élevée et gardée en sécurité. Après quelques péripéties, les filles obtiennent donc sa garde dans le Monde réel, aidées bien sûr de Maggi-Grigri et de Lili. Grâce à cela, elles peuvent redevenir des sorcières. Elles ont un nouveau costume, avec ou sans col (le col sert lors des cérémonies officielles). Elles doivent donc élever la petite Flora pendant un an et, pour cela la boutique, à l'origine d'objets magiques, est transformée en magasin de fleurs en tous genres pour que Flora soit dans les meilleures conditions possibles.
Bien sûr, au début les filles ont beaucoup de mal à s'occuper du bébé. Elles ne savent pas bien la changer, elles ne savent pas non plus quand son lait est bon ou trop chaud, et évidemment, Doremi est la pire de toutes ! Mais au fil du temps les filles deviennent de véritables mamans pour Flora, sans oublier Maggi-Grigri et Lili qui passent leurs nuits sans dormir à cause de la petite !
Face à cela, il y a les "méchants", sous entendu les sorciers. Ils ne sont pas contents à cause de leur tout petit territoire et veulent se venger en attrapant Flora. Celui qui est désigné pour la mission est... le compte Phillipe ! Et oui, celui qui était dans l'ordinateur des coeurs purs dans la 1ère saison. Il a repris sa forme humaine et tente donc de kidnapper le bébé. En réponse à ça, la Reine fournit un costume spécial pour les filles, le costume royal qui sert essentiellement lorsque Flora est en danger. Il est plus puissant et les formules sont plus courtes exprès pour contrer plus facilement les méchancetés du sorcier.
En parallèle, les filles doivent encore faire des examens, mais cette fois pour vérifier la bonne santé morale et physique de Flora. Les premiers contacts avec le docteur Guéritou seront difficiles : elle paraît très sévère, mais en fait tout ce qu'elle veut c'est que la petite aille bien.
Puis, le compte Phillipe recommence ses bêtises, mais cette fois en faisant appel au quator, le FLAT4. Ce sont 4 garçons sorciers du même âge que les filles (chacun est d'ailleurs amoureux d'une), qui ont pour mission d'attraper Flora et de la rapporter à leur chef, mais il n'y arriveront bien sûr jamais vraiment, et ce sera souvent le compte Phillipe qui prendra pour eux (en effet les filles ne savent pas qui ils sont)!
Finalement, le dernier épisode de la saison est très triste, comme celui de la 1ère. L'ancêtre de la Reine jette une sort sur Flora et elle tombe très gravement malade. Les filles, guidées par leur amour pour Flora, se dévouent pour aller chercher la seule fleur qui pourrait la sauver, "l'Amour Eternel". Pour cela, elles doivent se rendre dans la Forêt des Sorts habitée et créée par la même ancêtre. Celle-ci déteste les humains car son mari était humain et il est mort dans un accident, et le fils qu'ils ont eu ensemble est mort avant elle (car les sorcières vieillissent moins vite que les Humains).
Après avoir résisté aux hallucinations qu'elle leur fait subir, les filles trouvent la fleur. Mais la sorcière forme une sorte de bouclier autours et en essayant de le casser, les filles s'endorment une à une pour un sommeil de 1000 ans. Doremi est la dernière à passer et elle délivre la fleur avant de s'endormir, ce qui fait disparaître la forêt et les ramène devant tout le monde. La fleur sauve Flora, mais tout le monde pleure le sommeil des filles. Flora en essayant de les réveiller, crie pour la 1ere fois "Mamaaaan!" ce qui annule le sort jetées sur les filles. Mais, en sauvant Flora, les filles ont sacrifié leur boule de cristal personnelle et ne peuvent plus être sorcières, elles doivent donc abandonner Flora et retourner dans le Monde réel... Après une longue scène très triste dans le carosse, on les voit à boutique. Maggi-Grigri et Lili sont restées dans le Monde réel avec elles et elles s'occupent toujours de la boutique de fleurs. Mais Flora leur manque terriblement, et en voyant un bébé ressemblant à la petite, chacune se retient de pleurer en rentrant dans le magasin, et le mot de la fin est dit par Doremi : "A bientôt....", dit-elle en tournant le panneau d'entrée de la boutique sur "CLOSED".

Venez mes amis vous qui aimez rire entrez au pays de la magie ! L'école est finie partons mes amies adieu histoire et géographie!Maman m'a dit ma p'tite fille tu ne fais rien a l'école ,ca me  désole !Moi je préfère m'amuser,gambader et faire de la magie MAGIE!Au son de la musique un et deux ! Venez mes amies entrez dans la danse !Chanter,danser, jouer la vie c'est la magie ,c'est la magie!Venez mes amis vous qui aimez rire entrez au pays de la magie l'école est finie partons mes amies adieu histoire et géographie!Venez mes amies vous qui aimez rire entrez au pays de la magie !L'école est finie partons mes amies adieu histoire et géographie!